На раннем этапе развития японского общества был широко распространён тотемизм.[4] Из древних японских религиозных верований сформировались представления синто — основной религии Японии. Синтоизм (или синто) дословно можно перевести как «путь множества ками (богов)»). Основу этого течения составляет поклонение силам природы. Согласно представлениям синто солнце, деревья, горы, камни и природные явления являются ками (или микото) и наделены душой, им поклоняются в специально построенных для этой цели храмах. Важной особенностью синтоизма является культ предков.
Древние японцы считали, что японские острова и люди, населявшие их, были созданы ками, что нашло своё отражение в японской мифологии. С этими представлениями связан также культ императора — считалось, что императорская семья происходила от богов-создателей японского архипелага. Древние мифы и легенды синтоизма о создании японских островов богами и передаче власти над страной потомкам богов (Дзимму и Ниниги) сохранились в сводах «Кодзики» и «Нихонги».
Позже, из Индии через Корею и Китай, в страну проникает буддизм, 552 год считается официальной датой признания новой религии. Буддизм оказал большое влияние на образование, литературу и искусство Японии, хотя сам значительно трансформировался и сильно отличается от индийского и китайского буддизма. При императоре Сёму (правил в 724—749) буддизм был признан государственной религией.
В середине XVI века в Японию пришло христианство, поддержаное Ода Нобунагой и запрещённое впоследствии сёгунатом Токугава. Запрет на христианство был снят после реставрации Мэйдзи.
В современной Японии доля населения, одновременно исповедующего две религии — буддизм и синтоизм, составляет 84 %, около 0,7 % населения страны исповедует христианство.